مسجد جامع یزد در طول چند سده و با کمک های مردمی ساخته شده است و این مشخصه یکی از تمایزات ساخت مسجد جامع یزد و مسجد شاه اصفهان است. زیرا شاه عباس صفوی می خواست در زمان حیات خود ساخت مسجد شاه واقع در میدان نقش جهان اصفهان تمام شود و به همین دلیل تمام هزینه ساخت مسجد را تقبل کرد. قدمت مسجد جامع یزد فعلی به 700 سال پیش بازمیگردد. ساخت آن از دوره آل مظفر شروع شده و زمان تیموریان ادامه یافت.

کاشیکاری این مسجد از نوع معرق هست که یکی از دلایل به طول انجامیدن ساخت این مسجد است. در کاشیکاری معرق تکه های کاشی در کنار هم قرار گرفته و شکلی را تشکیل میدهند و در کوره قرار گرفته و پخته می شود. مناره ها در دوره صفویه به مسجد اضافه گردید. از بیرون مسجد به مناره ها که نگاه کنیم، مناره سمت راست شامل 2 راهروی جداگانه است که فردی که از پایین به بالا می رود و کسی که از راهروی دیگر از بالا به پایین می آید همدیگر را نمی بینند درحالی که مناره سمت چپ به صورت تک راهرو ساخته شده است. سردر مسجد را بلند ساخته اند زیرا در آن زمان که هنوز مناره به مسجد الحاق نشده بود، مسجد نمایان باشد و به تناسب سردر، در مسجد هم باید با ارتفاع زیاد ساخته می شده است. در زمان قاجار شبستانی روبروی ورودی اصلی مسجد به آن اضافه شد که در فصل زمستان از آن استفاده میکردند و در سمت ورودی مسجد شبستانی است که در فصل بهار از آن استفاده می شده و در سمت چپ ورودی اصلی مسجد شبستانی است که در فصل تابستان از آن استفاده می شده است. در سمت شبستان تابستانه ی مسجد آیاتی نوشته شده که یکی با (صدق الله العظیم) و دیگری با (صدق الله العلی العظیم) نوشته شده است که گفته می شود برای وحدت سنی و شیعه این کاشیکاری از زمان قدیم صورت گرفته است.

برای آن که حس کنجکاوی شما تحریک شود سایت ولکامینگ ایران لازم میداند این سوال را از شما بپرسد که چگونه کاشیکاری مسجد شیخ لطف الله که در زمان شاه عباس صفوی که مذهب تشیع رسمی شده صورت گرفته است آیات با (صدق الله العظیم) خاتمه یافته است و یا در صحن گوهرشاد حرم امام رضا آیات کاشیکاری شده با (صدق الله العظیم) خاتمه یافته اند. هم‌چنین این نکته قابل توجه است که در زمان گذشته مسلمانان یزد مذهب شافعی داشته اند. بالای محراب و زیر پنجره ی بالای محراب اسم (علی) نوشته شده است و در کنار آن علامتی از گردونه ی مهر که مربوط به آیین مهر و میتراییسم هست قرار گرفته است. در سقف ایوان مسجد حدیثی ذکر شده است از پیامبر اسلام به همراه 99 نام از خداوند که به خط کوفی نوشته شده است که با (ان الله) شروع شده و با (الصبور) به پایان می رسد. دور تا دور طاق و بالای سرستون، کتیبه کاشی معرق به خط نسخ دیده می شود. زیر ستون های دوسمت ایوان از جنس مرمر است و بر روی آن ها عبارت (عجلوا بالصلوه قبل الفوت) و (عجلوا بالصلوه قبل الموت) به خط نسخ حک شده است. ساخت این شبستان به مدت 112 سال به طول انجامیده و از سال 724 هجری قمری آغاز گردیده و 836 هجری قمری به پایان رسیده است. کاشیکاری های ورودی ایوان زمان قاجار انجام شده ولی شکل شمسه ها از قبل بوده. شمسه ها خود بیانگر وحدت است. از 12 گلبرگ در بیرون شمسه به قسمت داخل که نشانه وحدانیت هست می رسیم. اطراف شمسه ها، کاشیکاری مسجد به صورت شش ضلعی است زیرا چشم حشرات چشم مرکب است و با دیدن شش ضلعی دچار مشکل می شود و باعث می شود که حشرات به این سمت نیایند.

گنبد مسجد دولایه بوده که فاصله بین دو گنبد بین 1 تا 6 متر ذکر گردیده است که به از جهت عایق کردن شبستان و عدم انتقال گرما و سرما به داخل شبستان ساخته شده است. دو طرف محراب مسجد دو راهرو وجود دارد که ساخت آن چند دلیل داشته است. اول آن که اگر خانمی سوال شرعی داشت میتوانست از این راهرو وارد شود و سوال شرعی خود را از پیش نماز بپرسد. در این راهرو حتی صدا خانم ها هم تغییر میکرده و شخص سوال کننده مشخص نمی شده است. دلیل دیگر مسیری جهت گردش هوا در محراب است و دلیل سوم آن که در زمان امیرمبارزالدین به روحانیون سوقصد میکردند و انتهای راهروی سمت چپ دریوجود داشته که میتوانستند از این در به صورت اضطراری خارج شوند. در محراب نام پیامبر و 12 امام نوشته شده است. و قسمت های آجری برجسته تربتی است که از کربلا آورده شده و محراب مسجد را با آن ساخته اند. بالای محراب یک گوی هست که تلفیقی از رنگ بندی محراب است. میگویند اگر یک زمانی کاشیکاری محراب از بین برود میتوانند از رنگ های بکار رفته داخل گوی رنگ بندی محراب را احیا نمایند. دو طرف این گونه دو دایره هست که داخل آن نقش گلی وجود دارد که هر کدام دارای 6 عدد گلبرگ است که هر گلبرگ با نام (علی) طراحی شده است. بنابراین 6 گلبرگ سمت راست و 6 گلبرگ در سمت چپ که در مجموع نشان دهنده ی عدد 12 است که به 12 امام شیعه اشاره گردیده است. علاوه براین، عدد 66 در حروف ابجد کلمه (الله) را بیان می نماید. اسم این گل، گل لوتوس هست که در چک چک هم به کار رفته است. گل لوتوس یا گل نیلوفر در مرداب رشد می کند و نشانه آن است که حتی اگر در مرداب هم باشیم می توان رشد نمود و زیبایی خلق کرد.