می‌توان زندان اسکندر را در کنار مقبره 12 امام، منطقه تاریخی فهادان یزد پیدا کرد. در دوره مظفری، یزد به ویژه در امور فرهنگ و آموزش شهر پیشرفته بود و این شکوفایی فرهنگی منجر به احداث بسیاری از مدارس و مراکز آموزشی در این منطقه می‌شود. ضیاییه یکی از مدارس مذهبی است که در این دوره ساخته شده است.

در واقع، این مدرسه در دو مرحله ساخته شده است: اول ، همزمان با حمله مغول، شرف‌الدین علی رضی، اتاق گنبد را جزئی از یک مقبره کرد. سپس 8 قرن پیش در سال 631 (تقویم اسلامی) مدرسه سابق ضیائیه توسط ضیاء الدین حسین رضی، ساخته شد. به مدت 8 قرن بعد از ساخت آن، این بنا به عنوان مدرسه‌ای برای مطالعات اسلامی استفاده شده است. مدرسه ضیائیه یا زندان اسکندر بیشتر به دلیل گذشته مرموزش مشهور است. این مدرسه به دلیل اشاره به این مکان در شعری از حافظ به زندان اسکندر معروف است. اعتقاد بر این است که قبلاً تبعیدشدگان اسکندر در یزد در اینجا نگهداری می‌شدند. از نظر عقلانی منطقی است زیرا یزد در آن زمان یک شهر دور بود و در مقایسه با شهرهای بزرگ کاملاً متروک بود. از طرف دیگر، برخی دیگر فکر می کنند وقتی اسکندر به ایران حمله کرد، این مدرسه به زندان تبدیل شد. آنها می‌گویند که نام آن ناشی از این ادعا است که توسط اسکندر مقدونی به عنوان زندان برای برخی از معترضان ایرانی ساخته شده است.

این اثر تاریخی بی نظیر، معماری مسحورکننده ای دارد. در ساخت این بنا فقط از خشت خام استفاده شده است و خبری از کاشی‌کاری های تزیینی آنچنانی نیست. برخلاف بسیاری از بناهای تاریخی ایران، کاملاً عاری از هرگونه کاشی‌کاری است. آجرهای خشک شده در آفتاب تنها مؤلفه مواد مورد استفاده بوده است. اما بعداً ، هنگامی که گنبد توسط استاد آخوند خرمی بازسازی شد، از آجرهای کوره ای نیز استفاده شده است. اگر به معماری آذری علاقه‌مندید، قطعاً مدرسه ضیائیه یا زندان اسکندر را دوست دارید. این سبک از معماری همچنین به سبک مغول یا سبک ایرانی- مغولی معروف است. براساس منابع موثق، در هنگام ویرانی چاه بزرگی در یکی از قسمت‌های مدرسه ضیائیه ساخته شده است. فرض بر این بود که این حفره یک سیاه چال است و به این ترتیب تفکرات مربوط به زندان تقویت شد. در حیاط مدرسه، گودالی با عمق 5 متر و قطر حدود 2 متر وجود دارد. ما می توانیم از 38 پله پایین برویم تا پایین این چاه برسیم. برخی از کارشناسان می گویند این بسیار شبیه سیاه‌چاله باستانی است که زندانیان به پایین گودال برده شده‌اند، جایی که برای آنها بالا رفتن و فرار غیرممکن بود. از طرف دیگر، در طول مطالعات پیش از بازسازی، این سوراخ به دلیل ساخت شبکه لوله‌های آب زیرزمینی ظاهر شده است. در نتیجه، نه تنها تمام تفکرات مربوط به زندان را رد می‌کند بلکه می‌تواند نمایانگر اثبات هوش ایران حتی در دوران باستان باشد. زیرا این نشان می‌دهد که ایرانیان در تلاش بودند راهی برای توزیع آب در یک شهر کویری مانند یزد پیدا کنند. با این حال ، این پایاب اخیراً به عنوان کافی شاپ مورد استفاده قرار گرفته است.

اولین جایی که از آن بازدید خواهیم کرد گنبد خانه است. در اکثر بناهای تاریخی ایرانی و اسلامی گنبد به چشم میخورد و سازندگان و هنرمندان آنها در ایجاد نقش و نگار بر روی آن ظرافت و حساسیت خاصی داشتند. گنبد زندان اسکندر یزد مانند سایر بخش های آن از خشت خام تشکیل شده و بر خلاف ظاهر فعلی آن که نقوشی با رنگ های طلایی و لاجوردی به چشم میخورد، در سالهای ابتدایی کاملا ساده بود و هیچ نشانی از کاشی کاری و رنگ بر روی گنبد وجود نداشت. گنبدخانه بنایی است با ضلع 9 متر و ارتفاع 18 متر و به عنوان یکی از قدیمی‌ترین قسمت‌های مدرسه در نظر گرفته شده است. ویژگی‌های قابل توجه معماری گنبد در سایر گنبدها که مربوط به دوره مغول در ایران است، قابل ردیابی است. کتیبه‌هایی در داخل گنبد باقی مانده است، اما از آنچه باقی مانده به نظر می‌رسد که نوشته‌هایی با خط کوفی است. این گنبد دارای دو بخش و یک محراب ساده تزئین شده با تزئینات ساده مقرنس است که باعث زیبایی چشمگیر گنبدخانه شده است. هر چند که هر نقطه از این بنا می تواند به مانند موزه باشد، اما مجموعه ای از سنگ لوحه و سنگ قبرهای قدیمی در این مجموعه به چشم میخورد که عاشقان موزه گردی با دیدنش تجربیات زیادی را کسب خواهند کرد. حیاط دارای سه ایوان بلند در جنوب، شمال و غرب است. بال غربی شامل بالاترین ایوان بنا و ورودی اصلی است. یک اتاق در یکی از گوشه‌های حیاط وجود دارد که به آن اتاق بادگیر گفته می‌شود. می‌توانید وارد اتاق شوید و از باد خنک لذت ببرید. قبلا دو مناره بلند و یک حیاط پر از درخت و هم‌چنین یک کتابخانه و حمام عمومی در کنار آن قرار داشت که اکنون کاملا ویران شده است.