یکی از مساجد اصفهان است که در طی دوران قاجاریه ساخته شد و از مساجد اصلی این شهر به‌شمار می‌رود. این بنا در سده ۱۳ هجری به دستور محمد شاه قاجار و توسط محمدباقر شفتی در مساحت ۸۰۷۵ متر مربع ساخته شد

این مسجد یکی از بزرگترین و معروف ترین مساجد اصفهان است. زمین مسجد را فتحعلی خان اعتماد الدوله وزیر شاه سلطان حسین خریده شده بود که در آن مسجدی بنا کنند ولی در اثر حمله ی افغان ها میسر نگردید. آنکه در زمان فتحعلی شاه قاجار ، محمدباقر شفتی معروف به سید حجت السلام مبادرت به این کار نمود. بنای این مسجد در سال 1180 هجری قمری طرح ریزی شد و ساخت بنا در اواخر نیمه اول قرن 13 هجری قمری شروع و تا سال وفات سید کاشی کاری بنای جنوبی انجام شده بود. بعد از آن کاراتمام بنا توسط فرزندش سید ثانی و قسمت دیگرش توسط نوه اش حاج سید محمدباقر ساخته شده ولی هنوز هم قسمت هایی از آن نا تمام مانده.

با توجه به کتیبه های موجود در بنا ، احداث ساختمان و تزئینات آن در حدود 130 سال به طول انجامید.این مسجد در زمینی به مساحت 8075 متر مربع در محله بیدآباد اصفهان بنا شده و دارای دو شبستان بزرگ،گنبد،دو چهلستون، دو مهتابی و سه ایوان و گلدسته به عنوان مسجد و بیش از 45 حجره درطبقه فوقانی به منظور سکونت طلاب است. دو درب در جنوب شرقی و جنوب غربی و دو درب واقع در سمت شمال مسجد، محلهای اطراف از طریق مسجد به یکدیگر متصل می کنند. نقشه بنا به صورت مستطیل شکل است و از چهار جهت به بیرون راه پیدا می کند و بنای آن شامل بخش هایی مانند صحن، ایوان ، گنبدخانه ، شبستان ستون دار، رواق و غرفه های دو طبقه اطراف صحن و به علاوه مدرس و حجره های مورد استفاده طلاب علوم دینی ، سردرهای مسجد دارای کاشی کاری و کتیبه های تاریخی و غیر تاریخی می باشد. صحن متناسب مسجد در اطراف با غرفه های و حجره های دو طبقه و ایوان ها محدود شده و در میانه حوض شکیل قرار دارد. نامهای ایوان ها و لچکی ها غرفه ها و رواقها با کاشی کاری خشتی دوره قاجار مزین شده و در ازاره ها نیز از پوشش سنگی استفاده شده. در ضلع جنوبی صحن ، ایوان اصلی و در پشت طرفین آن گنبدخانه و شبستان های ستون دار قرار دارد. نمای داخلی و خارجی ایوان با کاشی کاری پوشش یافته که معرف ترکیب زیبایی از نقوش مختلف و کتیبه های خطی است. بر بالای ایوان جنوبی ، برج ساعتی با تزئین کاشی ساخته شده است. نالار تدریس حجت الاسلام شفتی از دیگر آثار در خور توجه مسجد است که به چهلستون معروف است که بنا به شواهد ایده ی ساختنش از کاخ چهلستون الهام گرفته است. 9 ستون استفاده شده که دارای ستون های چوبی .

درب ها وپنجره های ارسی زیبایی است. آرامگاه تشکیل شده از گنبدخانه و رواقی که با تزئینات متنوع کاشیکاری ، گچ بری ، آیینه کاری و نقاشی به همراه کتیبه های متعدد تزئین شده. در سقف آن از مقرنس های بسیار زیبا با عناصر تخت بهره گرفته شده. مسجد سید اصفهان به دلیل تزئینات بسیار جالب گا و بوتهد و اسلیمی و وجود خط بنائی و دیگر خطوط استادان نامدار عصر قاجار در شمار یکی از شاهکارهای معماری قاجار قرار دارد. ضریح فولادی نیز توسط محمدباقر ثانی برای جدش تهیه شد. در کاشی کاری های این مسجد مخصوصا در تزئینات گلدان ها و منظره هایی که نمایش داده شده رنگ قرمز نقش عمده ای دارد. قسمتی از کاشی کاری های مسجد در اثر موج انفجار در جنگ ایران و عراق فرو ریخت که در حال حاضر بازسازی شده است.